Под постоянными атаками чудовищных существ, называемых Ангелами, стремящихся уничтожить человечество, специальное агентство ООН, Nerv, представляет двух новых пилотов Ева, которые помогут защитить город Токио-3: загадочную Макинами Мари Илластриэс и энергичную Аску Лэнгли Сикинами. Тем временем Гэндо Икари и Seele продолжают секретный проект при участии Рей и Синдзи.